Stosownie do art. 73 ust. 1 i 3 ustawy o rachunkowości, sprawozdanie finansowe za dany rok obrotowy po jego zatwierdzeniu przechowuje się w oryginalnej postaci, w ustalonym porządku dostosowanym do sposobu prowadzenia ksiąg rachunkowych, w podziale na okresy sprawozdawcze, w sposób pozwalający na ich łatwe odszukanie. Tym samym zatwierdzone roczne sprawozdanie finansowe, sporządzone w postaci elektronicznej, należy przechowywać w tej formie, tj. na nośnikach elektronicznych. Nie ma więc potrzeby drukować papierowej wersji sprawozdania finansowego, gdyż stanowi ona jedynie kopię tego sprawozdania, a nie jego elektroniczny oryginał.
Ustawa o rachunkowości nie precyzuje jednak, jak należy przechowywać e-sprawozdania finansowe. Każda jednostka samodzielnie powinna wdrożyć odpowiednie systemy zabezpieczeń, a ich dobór zależy od wielu czynników, w tym m.in. od sposobu przetwarzania danych przez jednostkę, częstotliwości przetwarzania, ilości przechowywanych danych, poziomu ryzyka, na jakie narażone są dane jednostki, jak również możliwości finansowych i kadrowych poszczególnej jednostki. W art. 71 ust. 2 ustawa o rachunkowości wymaga, aby przy prowadzeniu ksiąg rachunkowych przy użyciu komputera ochrona danych polegała na:
- stosowaniu odpornych na zagrożenia nośników danych,
- doborze stosownych środków ochrony zewnętrznej,
- systematycznym tworzeniu rezerwowych kopii zbiorów danych zapisanych na informatycznych nośnikach danych, pod warunkiem zapewnienia trwałości zapisu informacji systemu rachunkowości, przez czas niekrótszy od wymaganego do przechowywania ksiąg rachunkowych,
- zapewnieniu ochrony programów komputerowych i danych systemu informatycznego rachunkowości, poprzez stosowanie odpowiednich rozwiązań programowych i organizacyjnych, chroniących przed nieupoważnionym dostępem lub zniszczeniem.
Należy pamiętać, iż opis systemu służącego ochronie danych i ich zbiorów, w tym dowodów księgowych, ksiąg rachunkowych i innych dokumentów stanowiących podstawę dokonanych w nich zapisów, każda jednostka powinna ująć w swojej polityce (zasadach) rachunkowości (por. art. 10 ust. 1 ustawy o rachunkowości).