Zakres obowiązków dotyczących prowadzenia i przesyłania w formie elektronicznej ksiąg rachunkowych nie zawsze jest jasny. Stosowanie przepisów w indywidualnych sprawach jest nadal przedmiotem wyjaśnień dokonywanych przez organy podatkowe.
Problematyczne okazało się określenie zakresu danych, które w formie plików JPK muszą raportować polscy podatnicy posiadający zagraniczne oddziały prowadzące księgi rachunkowe i sporządzające sprawozdania finansowe (tzw. samobilansujące oddziały).
Do niedawna organy podatkowe stały na stanowisku, że ciążący na polskich podmiotach obowiązek prowadzenia ksiąg rachunkowych przy zastosowaniu programów komputerowych oraz ich przesyłania do urzędu skarbowego po zakończeniu roku podatkowego, dotyczy nie tylko ksiąg rachunkowych prowadzonych przez jednostkę macierzystą, ale również ksiąg prowadzonych przez jej zagraniczne oddziały. Podkreślały, że zagraniczne oddziały nie są podmiotem odrębnym od jednostki macierzystej, lecz stanowią jedynie wyodrębnioną organizacyjnie i majątkowo część firmy. Wywodziły z tego, że to na jednostce macierzystej ciąży obowiązek prowadzenia ksiąg rachunkowych oddziałów. Takie rozstrzygnięcia zawierały m.in. interpretacje indywidualne Dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej z 6 lutego 2026 r., nr 0111-KDIB2-1.4010.585.2025.1.AJ, z 23 października 2025 r., nr 0111-KDIB2-1.4010.387.2025.1.BJ, z 3 października 2025 r., nr 0111-KDWB.4010.100.2025.1.KKM i z 14 marca 2025 r., nr 0111-KDIB1-2.4010.745.2024.1.AW).
Organy podatkowe nie uwzględniały argumentu podatników, że księgi rachunkowe zagranicznych oddziałów są prowadzone zgodnie z przepisami obowiązującymi w kraju, w którym oddział ma siedzibę, co powoduje, że dostosowanie tych ksiąg do wymogów wysyłki w formie plików JPK jest skomplikowane.
Inne podejście zaprezentował Dyrektor Krajowej Informacji Skarbowej w interpretacji indywidualnej z 23 czerwca 2026 r., nr 0111-KDIB1-3.4010.278.2026.1.JKU i z 2 kwietnia 2026 r., nr 0111-KDIB1-2.4010.34.2026.2.EKB. W tej ostatniej zgodził się z oceną podatnika, że ustawa o rachunkowości nie zawiera regulacji, które nakładają na jednostki macierzyste obowiązek prowadzenia ksiąg rachunkowych dla oddziałów znajdujących się poza terytorium Rzeczypospolitej Polskiej. Takie oddziały w sposób samodzielny prowadzą ewidencję na potrzeby lokalnych przepisów o rachunkowości. W rezultacie uznał, że: "(...) obowiązek prowadzenia ksiąg rachunkowych i ich przesyłania właściwemu Naczelnikowi urzędu skarbowego po zakończeniu roku na podstawie art. 9 ust. 1c oraz 1e ustawy o CIT, nie powinien obejmować zapisów (ksiąg) dotyczących tzw. samobilansujących się oddziałów zagranicznych podatnika (tj. ksiąg prowadzonych samodzielnie przez takie oddziały stosownie do przyjętej u danego podatnika polityki rachunkowości)". Przypomniał jednak, że: "(...) nieobjęcie ksiąg rachunkowych samobilansujących się oddziałów zagranicznych obowiązkami w zakresie JPK na gruncie ustawy o CIT nie zwalnia Spółki (macierzystej) z obowiązku wykazywania danych dotyczących tych oddziałów w prowadzonej przez niego ewidencji rachunkowej (np. pozabilansowej), jeżeli rzutują one na krajowe obowiązki podatkowe takiej jednostki, będącej de facto jednym bytem prawnym". Brak obowiązku przekazywania ksiąg rachunkowych samobilansujących oddziałów zagranicznych w ramach JPK_CIT przez jednostkę macierzystą będącą polskim rezydentem podatkowych potwierdza również Szef Krajowej Administracji Skarbowej w zmianie interpretacji indywidualnej:
- z 29 lipca 2026 r., nr DOP12.8221.43.2026 (stwierdził nieprawidłowość powołanej wcześniej interpretacji z 14 marca 2025 r.),
- z 15 kwietnia 2026 r., nr 0111-KDIB2-1.4010.585.2025.2.AJ (stwierdził nieprawidłowość powołanej wcześniej interpretacji z 6 lutego 2026 r.).