W uzasadnieniu do projektu ustawy zmieniającej, która wprowadza obowiązek stosowania KSeF, ustawodawca wyjaśnił, że obowiązkiem e-fakturowania nie zostaną objęci podatnicy nieposiadający siedziby działalności gospodarczej ani stałego miejsca prowadzenia działalności gospodarczej na terytorium kraju lub posiadający wyłącznie stałe miejsce prowadzenia działalności, które nie uczestniczy w dokonywanej transakcji. Wystawienie e-faktury przez te podmioty jest fakultatywne. W przypadku podatnika nieposiadającego siedziby ani stałego miejsca prowadzenia działalności gospodarczej w Polsce wystawia on fakturę poza KSeF - bowiem takiej sytuacji nie obejmuje decyzja derogacyjna. Wyjątkiem będą podmioty, które zdecydują się na fakultatywne korzystanie z KSeF. W takim przypadku podmioty te będą mogły wystawiać e-faktury.
E-faktury wystawiane na rzecz podmiotów nieposiadających siedziby działalności gospodarczej ani stałego miejsca prowadzenia działalności gospodarczej na terytorium kraju lub posiadających wyłącznie stałe miejsce prowadzenia działalności, które nie uczestniczy w nabyciu, będą im udostępniane w postaci i w sposób z nimi uzgodniony.
Obowiązkiem e-fakturowania nie zostaną objęci także podatnicy korzystający z procedur szczególnych, o których mowa w dziale XII w rozdziale 7, 7a i 9 ustawy o VAT, czyli procedury nieunijnej, SOTI i w zakresie przewozów okazjonalnych (wyłączenie nie dotyczy natomiast podatników korzystających z procedury szczególnej, o której mowa w dziale XII w rozdziale 6a, którzy będą obowiązani do wystawiania e-faktur na rzecz podatników z tytułu czynności rozliczanych w tej procedurze - jeżeli w ogóle zdecydują się wystawić taką fakturę), w zakresie, w jakim wystawiają faktury dokumentujące czynności rozliczane w tych procedurach, tj. w procedurze nieunijnej dotyczącej niektórych usług, szczególnej procedurze w zakresie świadczenia usług międzynarodowego okazjonalnego przewozu drogowego osób, szczególnej procedurze dotyczącej sprzedaży na odległość towarów importowanych. Podmioty te nie będą miały fakultatywnej możliwości wystawiania faktur ustrukturyzowanych dokumentujących czynności rozliczane w tych procedurach. Faktury wystawiane przez takie podmioty dla transakcji spoza procedur szczególnych nie będą natomiast wyłączone z KSeF, z wyjątkiem sytuacji, gdy wyłączenie przysługiwałoby takim podatnikom z innego tytułu.