Problemem okazuje się również ustalenie obowiązku wystawiania i otrzymywania faktur ustrukturyzowanych w przypadku, gdy podatnik nie posiada w Polsce siedziby ani stałego miejsca prowadzenia działalności, ale jest zarejestrowany jako podatnik VAT czynny.
W takim przypadku, zgodnie z interpretacją indywidualną Dyrektora KIS z dnia 13 grudnia 2023 r., nr 0114-KDIP1-2.4012.407.2023.2.RST: "(...) przepis art. 106ga ust. 1 ustawy który będzie obowiązywał od 1 lipca 2024 r. wskazuje, że podatnicy są obowiązani wystawiać faktury ustrukturyzowane przy użyciu Krajowego Systemu e-Faktur. Jednocześnie ustęp 2 pkt 1 powoływanego powyżej przepisu przewiduje wyłączenie z przedmiotowego obowiązku podmiotów nieposiadających w Polsce siedziby działalności gospodarczej ani stałego miejsca prowadzenia działalności gospodarczej.
Zatem, skoro Państwa Spółka nie będzie posiadała stałego miejsca prowadzenia działalności gospodarczej w Polsce, to zgodnie z art. 106ga ust. 2 pkt 1 ustawy o VAT w brzmieniu nadanym ustawą zmieniającą, to Spółka nie będzie miała od 1 lipca 2024 r. obowiązku wystawiania faktur ustrukturyzowanych przy użyciu Krajowego Systemu e-Faktur (KSeF). Jednocześnie należy wskazać, że Spółka jest zarejestrowanym czynnym podatnikiem podatku VAT w Polsce, w związku z czym Spółka ma możliwość wystawiania faktury ustrukturyzowanej przy użyciu Krajowego Systemu e-Faktur zgodnie z art. 106ga ust. 4 ustawy o VAT w brzmieniu nadanym ustawą zmieniającą. Natomiast kwestię otrzymywania faktur ustrukturyzowanych przy użyciu KSeF reguluje przepis art. 106gb ust. 4 ustawy, który wskazuje m.in., że w przypadku gdy nabywcą jest podmiot nieposiadający siedziby działalności gospodarczej ani stałego miejsca prowadzenia działalności gospodarczej na terytorium kraju faktura ustrukturyzowana jest udostępniana nabywcy w sposób z nim uzgodniony.
Zatem, skoro Państwa Spółka nie będzie posiadała stałego miejsca prowadzenia działalności gospodarczej w Polsce, to na podstawie art. 106gb ust. 4 pkt. 2 ustawy nie będzie zobowiązana do odbioru faktur od polskich kontrahentów przy użyciu KSeF. Jednocześnie Spółka powinna uzgodnić z danym kontrahentem inny sposób odbioru ustrukturyzowanej faktury (...)".
Nie mniej wątpliwości budzi sytuacja, w której podatnik posiada w Polsce stałe miejsce prowadzenia działalności gospodarczej ale jego siedziba znajduje się w innym państwie unijnym i dokonywane jest nietransakcyjne przemieszczenie własnych towarów z Polski do państwa siedziby podatnika.
Wyjaśnienia w tej sprawie udzielił Dyrektor KIS w interpretacji indywidualnej z dnia 21 grudnia 2023 r., nr 0114-KDIP1-2.4012.484.2023.2.GK, w której stwierdził, że:
"(...) od 1 lipca 2024 r. będzie obowiązywał przepis art. 106ga ust. 1 ustawy, który wskazuje, że podatnicy będą obowiązani wystawiać faktury ustrukturyzowane przy użyciu Krajowego Systemu e-Faktur. Co do zasady powyższy obowiązek wystawienia faktur ustrukturyzowanych przy użyciu Krajowego Systemu e-Faktur dotyczyć będzie także podatników posiadających w Polsce stałe miejsce prowadzenia działalności gospodarczej, które to miejsce będzie uczestniczyło w transakcji, dla której będzie wystawiona faktura. Wyłączenia, o których mowa w ust. 2 tego artykułu w niniejszej sprawie nie będą miały zastosowania. Zatem, skoro posiadacie Państwo na terytorium Polski stałe miejsce prowadzenia działalności gospodarczej, o którym mowa w art. 28b ustawy oraz Państwo dokonując wewnątrzwspólnotowej dostawy towarów, o której mowa w art. 13 ust. 3 ustawy, zobowiązani będziecie do wystawienia faktury, to zgodnie z art. 106ga ust. 1 obowiązani jesteście od 1 lipca 2024 r. dokumentować wewnątrzwspólnotową dostawę towarów w ramach WZPT fakturą ustrukturyzowaną wystawioną przy użyciu Krajowego Systemu e-Faktur (...)".