Zgodnie z art. 108a ust. 1a ustawy o VAT przy dokonywaniu płatności za nabyte towary lub usługi wymienione w załączniku nr 15 do ustawy, udokumentowane fakturą, w której kwota należności ogółem przekracza kwotę 15.000 zł lub jej równowartość wyrażoną w walucie obcej, podatnicy są obowiązani zastosować mechanizm podzielonej płatności. Wskazany przepis stosuje się odpowiednio do płatności, o których mowa w art. 19a ust. 8 ustawy o VAT (tj. do regulowania zaliczek). W takim przypadku w komunikacie przelewu w miejsce numeru faktury podatnik wpisuje wyraz "zaliczka".
W objaśnieniach podatkowych z dnia 23 grudnia 2019 r. w sprawie mechanizmu podzielonej płatności MF wskazało: "(...) w przypadku zapłaty zaliczki w mechanizmie podzielonej płatności, podatnik powinien być w stanie udokumentować, że płacona przez niego zaliczka dotyczy konkretnej faktury, którą otrzymał po zapłacie zaliczki. Jeżeli podatnik nie będzie w stanie powiązać konkretnej płatności zaliczki z konkretną fakturą dokumentującą tę zaliczkę, istnieje ryzyko powstania wątpliwości, czy podatnik wywiązał się z obowiązku zapłaty w mechanizmie podzielonej płatności, jeżeli taki obowiązek u niego powstał w związku z tą zaliczką. (...) w przypadku płatności zaliczek o tym, czy powstaje obowiązek zapłaty w mechanizmie podzielonej płatności decydują zasady ogólne, a więc wartość brutto faktury oraz przedmiot transakcji (nabycie towarów i usług z załącznika nr 15) (podkreślenie redakcji) (...)".