W praktyce gospodarczej coraz częściej występują łańcuchy dostaw obejmujące więcej niż trzy podmioty. Organy podatkowe dopuszczają możliwość zastosowania procedury uproszczonej także w takich przypadkach, o ile wyodrębniony fragment łańcucha spełnia wszystkie warunki ustawowe przewidziane dla transakcji trójstronnej. Kluczowe znaczenie ma prawidłowe przyporządkowanie transportu do konkretnej dostawy oraz ustalenie, który podmiot dokonuje wewnątrzwspólnotowego nabycia.
Należy jednak zachować ostrożność interpretacyjną, ponieważ literalne brzmienie przepisów wskazuje na konfigurację trzech podmiotów, w której towar wydawany jest bezpośrednio ostatniemu z nich. W sytuacjach bardziej złożonych każdorazowo konieczna jest szczegółowa analiza stanu faktycznego.
Wewnątrzwspólnotowa transakcja trójstronna stanowi efektywne narzędzie upraszczające rozliczenia VAT w handlu unijnym. Jej zastosowanie pozwala ograniczyć obowiązki rejestracyjne podmiotu pośredniczącego oraz zapewnia neutralność podatkową dla uczestników obrotu. Warunkiem skorzystania z procedury uproszczonej jest jednak ścisłe spełnienie przesłanek ustawowych oraz prawidłowe udokumentowanie i wykazanie transakcji w ewidencjach podatkowych.
Nieprawidłowości w zakresie numerów identyfikacyjnych, treści faktur czy oznaczeń w JPK_VAT mogą skutkować zakwestionowaniem uproszczenia i koniecznością rozliczenia podatku według zasad ogólnych. Dlatego w praktyce każda transakcja łańcuchowa powinna być analizowana indywidualnie, z uwzględnieniem okoliczności faktycznych i aktualnego stanowiska organów podatkowych.