W myśl art. 87 ust. 6 ustawy o VAT, urząd skarbowy jest obowiązany dokonać zwrotu różnicy podatku, o której mowa w art. 87 ust. 2, w terminie 25 dni, licząc od dnia złożenia rozliczenia, w przypadku gdy łącznie spełnione są następujące warunki:
1) kwoty podatku naliczonego, wykazane w deklaracji podatkowej, z wyłączeniem kwoty podatku naliczonego lub różnicy podatku, o której mowa w art. 87 ust. 1, nierozliczonej w poprzednich okresach rozliczeniowych i wykazanej w deklaracji, wynikają z:
a) faktur dokumentujących kwoty należności, które zostały w całości zapłacone za pośrednictwem rachunku bankowego podatnika w banku mającym siedzibę na terytorium kraju albo rachunku podatnika w spółdzielczej kasie oszczędnościowo-kredytowej, której jest członkiem, wskazanego w zgłoszeniu identyfikacyjnym, o którym mowa w odrębnych przepisach,
b) faktur, innych niż wymienione w lit. a), dokumentujących należności, jeżeli łączna kwota tych należności nie przekracza 15.000 zł,
c) dokumentów celnych, deklaracji importowej oraz decyzji, o których mowa w art. 33 ust. 2 i 3 oraz art. 34, i zostały przez podatnika zapłacone,
d) importu towarów rozliczanego zgodnie z art. 33a, wewnątrzwspólnotowego nabycia towarów, świadczenia usług, dla którego podatnikiem jest ich usługobiorca, lub dostawy towarów, dla której podatnikiem jest ich nabywca, jeżeli w deklaracji podatkowej została wykazana kwota podatku należnego od tych transakcji,
2) kwota podatku naliczonego lub różnicy podatku, o której mowa w art. 87 ust. 1, nierozliczona w poprzednich okresach rozliczeniowych i wykazana w deklaracji nie przekracza 3.000 zł,
3) podatnik złoży w urzędzie skarbowym, nie później niż w dniu złożenia deklaracji, potwierdzenie zapłaty należności, o których mowa w pkt 1 lit. a),
4) podatnik przez kolejne 12 miesięcy poprzedzających bezpośrednio okres, w rozliczeniu za który występuje z wnioskiem o zwrot w terminie 25 dni:
a) był zarejestrowany jako podatnik VAT czynny,
b) składał za każdy okres rozliczeniowy deklaracje, o których mowa w art. 99 ust. 1-3
- przy czym przepisy art. 87 ust. 2 zdanie drugie i trzecie, ust. 2a-2c oraz ust. 4a-4f stosuje się odpowiednio.
Natomiast zgodnie z art. 87 ust. 6a ustawy o VAT na wniosek podatnika, zawarty w złożonej deklaracji podatkowej, urząd skarbowy jest obowiązany dokonać zwrotu różnicy podatku na rachunek VAT podatnika w przyspieszonym terminie, tj. 25 dni, licząc od dnia złożenia rozliczenia bez konieczności spełnienia dodatkowych warunków.
Jak czytamy na stronie internetowej www.podatki.gov.pl: "(...) Zwrot nadwyżki podatku naliczonego nad należnym na rachunek VAT otrzymasz w terminie 25 dni od dnia złożenia rozliczenia JPK_VAT z deklaracją. Aby otrzymać ten szybki zwrot na rachunek VAT nie musisz spełniać dodatkowych warunków. (...) Terminy zwrotu podatku mogą być przedłużone (z wyjątkiem zwrotu na rachunek VAT) (...)".