Podatnicy, którzy wybrali opodatkowanie estońskim CIT, zobowiązani są do przestrzegania zasad ustalania podstawy opodatkowania zgodnie z rozdziałem 6b "Ryczałt od dochodów spółek" ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych. Zasady te różnią się istotnie pod kątem opodatkowania dochodu w porównaniu do zasad powszechnie obowiązujących.
Stosownie do art. 28m ust. 1 pkt 1 updop, opodatkowaniu estońskim CIT podlega dochód odpowiadający wysokości zysku netto wypracowanego w okresie opodatkowania ryczałtem w części, w jakiej zysk ten został uchwałą o podziale lub pokryciu wyniku finansowego netto przeznaczony:
- do wypłaty udziałowcom, akcjonariuszom albo wspólnikom (dochód z tytułu podzielonego zysku) lub
- na pokrycie strat powstałych w okresie poprzedzającym okres opodatkowania ryczałtem (dochód z tytułu zysku przeznaczonego na pokrycie strat).
Opodatkowaniu estońskim CIT podlegają wyłącznie zyski wypracowane w okresie stosowania tego modelu opodatkowania. Podstawą opodatkowania jest suma dochodu z tytułu podzielonego zysku i dochodu z tytułu zysku przeznaczonego na pokrycie strat - ustalona w roku podatkowym, w którym podjęto uchwałę o podziale lub pokryciu wyniku finansowego netto (por. art. 28n ust. 1 pkt 1 updop). Przypominamy, iż estoński CIT dla małych podatników i dla podatników rozpoczynających prowadzenie działalności gospodarczej na tych zasadach wynosi 10% podstawy opodatkowania. Natomiast dla pozostałych podatników estoński CIT wynosi 20% podstawy opodatkowania (por. art. 28o ust. 1 pkt 1 i 2 updop).
Estoński CIT od podzielonego zysku za 2023 r. wpłynie na wynik finansowy spółki w roku następnym, czyli zmniejszy zysk brutto za 2024 r. W księgach rachunkowych estoński CIT ujmuje się zapisem po stronie Wn konta 87 "Podatek dochodowy od osób prawnych", w korespondencji ze stroną Ma konta 22-3 "Pozostałe rozrachunki publicznoprawne" (w analityce: Rozrachunki z tytułu podatku dochodowego od osób prawnych).
Na podstawie art. 28t ust. 1 pkt 1 updop, estoński CIT od dochodu z tytułu podzielonego zysku (i dochodu z tytułu zysku przeznaczonego na pokrycie strat) płatny jest w terminie do końca trzeciego miesiąca roku podatkowego następującego po roku, w którym podjęto uchwałę o podziale (lub pokryciu) wyniku finansowego netto. Jeżeli zatem zysk netto spółki z o.o. wypracowany w 2023 r. (od 1 stycznia 2023 r. spółka jest na estońskim CIT) został w 2024 r. przeznaczony - na podstawie stosownej uchwały - do wypłaty wspólnikom, to termin zapłaty estońskiego CIT od dochodu spółki przypadnie na koniec marca 2025 r.