Jednostki objęte obowiązkiem przesyłania ksiąg rachunkowych w postaci elektronicznej powinny dostosować swoje księgi rachunkowe oraz zakładowe plany kont do wymogów JPK. W przypadku podatników podatku dochodowego od osób prawnych (podatników CIT) zakres danych, jakie należy uwzględnić w księgach rachunkowych w celu uzyskania prawidłowego pliku JPK_KR_PD, określa rozporządzenie Ministra Finansów z dnia 16 sierpnia 2024 r. w sprawie dodatkowych danych, o które należy uzupełnić prowadzone księgi rachunkowe podlegające przekazaniu na podstawie ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych (Dz. U. poz. 1314 ze zm.), dalej zwane rozporządzeniem w sprawie dodatkowych danych dla podatników CIT. Z kolei w przypadku podatników podatku dochodowego od osób fizycznych (podatników PIT) zakres dodatkowych danych określa rozporządzenie Ministra Finansów i Gospodarki z dnia 6 września 2025 r. w sprawie dodatkowych danych, o które należy uzupełnić prowadzone księgi rachunkowe i ewidencję środków trwałych oraz wartości niematerialnych i prawnych podlegające przekazaniu na podstawie ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych (Dz. U. poz. 1311), dalej zwane rozporządzeniem w sprawie dodatkowych danych dla podatników PIT. Jak wskazują przepisy tych rozporządzeń, przekazywane w ramach pliku JPK_KR_PD księgi rachunkowe należy uzupełnić m.in. o znaczniki identyfikujące konta ksiąg wykazywane według słowników znaczników określonych w załącznikach do ww. rozporządzeń.
Co do zasady każde konto księgowe wykorzystywane do ewidencji operacji gospodarczych powinno zostać oznakowane odpowiednim znacznikiem bilansowym lub wynikowym, stosownie do treści konta, jeżeli w raportowanym okresie występują na nim obroty lub salda. Przy czym ten sam znacznik może być przypisany do kilku kont księgowych. Znaczniki powinny być przypisane do kont analitycznych, jeśli dane konto syntetyczne je posiada. W szczególnych przypadkach, zgodnie ze strukturą JPK_KR_PD, można zastosować maksymalnie dwa znaczniki identyfikujące konto, dla którego wykorzystano nazewnictwo wynikające z bilansu oraz rachunku zysków i strat. Przykładowo ma to zastosowanie w przypadku kont rozrachunkowych, które są kontami aktywno-pasywnymi, a więc wykazują równocześnie saldo Wn i saldo Ma. W takiej sytuacji można przypisać dwa znaczniki do jednego konta księgowego, wskazujące przyporządkowanie salda konta w bilansie do pozycji aktywów, tj. należności, i pozycji pasywów, tj. zobowiązań. Z kolei znacznik podatkowy może być użyty tylko jeden. Jeżeli nie jest możliwe przypisanie treści konta do znacznika o określonym opisie, można zastosować znacznik "INNE". Przy czym znacznik ten powinien być zastosowany wyłącznie w wyjątkowych sytuacjach.
Oznaczając konta księgowe należy pamiętać, że nie jest wymagane wprowadzanie do zakładowego planu kont i znakowanie kont dotyczących tych pozycji, które w jednostce nie występują. Ponadto wprowadzony obowiązek przypisania odpowiednich znaczników do kont nie wiąże się z koniecznością zmiany dotychczas stosowanej symboliki i nazw kont. Wymagane jest jednak, aby zdarzenia o różnej treści ekonomicznej były ujmowane na różnych kontach księgowych. Zatem w niektórych przypadkach obowiązek znakowania kont odpowiednim znacznikiem może skutkować koniecznością rozbudowania stosowanego w danej jednostce zakładowego planu kont.
Na temat przypisywania znaczników do kont księgowych wypowiedziało się Ministerstwo Finansów w odpowiedzi na pytanie 138, zamieszczone na stronie www.podatki.gov.pl w zakładkach Podatki dla Przedsiębiorców/JPK/JPK_PD/Pytania i odpowiedzi JPK_PD/Pytania i odpowiedzi merytoryczne. W odpowiedzi tej czytamy:
"(...) Znaczniki identyfikujące konta należy stosować zgodnie z prezentacją przewidzianą w słownikach, w sposób możliwie najszerszy, co oznacza, że oznaczeniu podlega każde konto, którego treść odpowiada któremukolwiek ze znaczników wskazanych w rozporządzeniach.
Sformułowanie »w sposób możliwie najszerszy« oznacza również, że jeżeli na jednym koncie ewidencjonowane są różne zdarzenia gospodarcze, którym powinny zostać przypisane odmienne znaczniki, podatnik ma obowiązek:
1) podzielić te zdarzenia na jednorodne grupy,
2) wyodrębnić dla każdej grupy osobne konto analityczne,
3) dokonywać zapisów księgowych na tych odrębnych kontach,
4) przypisać każdemu kontu właściwy znacznik zgodnie z jego treścią.
Jest to wymóg wynikający wprost z przepisów podatkowych, które określają sposób prowadzenia ksiąg na potrzeby podatku CIT/PIT w zakresie ich struktury, kompletności i oznaczeń (...)".