Zgodnie z art. 46a pkt 1 ustawy, przemieszczanie wyrobów akcyzowych na terytorium kraju poza procedurą zawieszenia poboru akcyzy odbywa się z użyciem Systemu EMCS na podstawie e-DD albo dokumentu zastępującego e-DD, jeżeli wyroby akcyzowe objęte zwolnieniem od akcyzy ze względu na ich przeznaczenie, m.in. na cele żeglugowe są przemieszczane:
1) ze składu podatkowego do podmiotu pośredniczącego,
2) od podmiotu pośredniczącego do składu podatkowego, w celu zwrotu,
3) ze składu podatkowego do podmiotu zużywającego,
4) od podmiotu zużywającego do składu podatkowego, w celu zwrotu,
5) od podmiotu pośredniczącego do podmiotu zużywającego,
6) od podmiotu zużywającego do podmiotu pośredniczącego, w celu zwrotu,
7) od zarejestrowanego odbiorcy, o którym mowa w art. 32 ust. 3 pkt 5, do podmiotu zużywającego,
8) od zarejestrowanego odbiorcy, o którym mowa w art. 32 ust. 3 pkt 5a ustawy, do podmiotu pośredniczącego - w przypadku wyrobów energetycznych używanych do celów żeglugi,
9) ze składu podatkowego do podmiotu prowadzącego miejsce niszczenia wyrobów akcyzowych spełniające warunki niszczenia wyrobów na podstawie przepisów odrębnych - w przypadku, gdy wyroby stały się nieprzydatne do zużycia,
10) z miejsca importu do podmiotu pośredniczącego lub podmiotu zużywającego prowadzącego działalność gospodarczą.
Przemieszczanie wyrobów akcyzowych poza procedurą zawieszenia poboru akcyzy rozpoczyna się z chwilą wyprowadzenia wyrobów akcyzowych ze składu podatkowego lub innego miejsca wysyłki. Natomiast jego zakończenie następuje po odebraniu wyrobów akcyzowych przez podmiot odbierający i przesłaniu do Systemu EMCS raportu odbioru zawierającego kompletne i prawidłowe dane (art. 46b ustawy).
Przemieszczanie wyrobów akcyzowych poza procedurą zawieszenia poboru akcyzy powinno zostać zakończone w terminie 30 dni od dnia wysłania wyrobów akcyzowych wskazanego w e-DD albo dokumencie zastępującym e-DD.
Zgodnie z art. 46c ustawy, przemieszczanie wyrobów akcyzowych poza procedurą zawieszenia poboru akcyzy może być rozpoczęte po:
1) przesłaniu do Systemu przez podmiot wysyłający, projektu e-DD i uzyskaniu z Systemu e-DD z nadanym numerem referencyjnym, sprawdzonego pod względem kompletności i prawidłowości danych zawartych w tym dokumencie, albo
2) sporządzeniu przez podmiot wysyłający, dokumentu zastępującego e-DD oraz przekazaniu kopii tego dokumentu właściwemu naczelnikowi urzędu skarbowego.
Dla każdego podmiotu odbierającego, sporządza się jeden projekt e-DD albo dokument zastępujący e-DD.
W przypadku wyrobów akcyzowych objętych zwolnieniem od akcyzy ze względu na ich przeznaczenie z chwilą zweryfikowania projektu e-DD, przed przesłaniem e-DD zgodnie z art. 46g, następuje automatyczne odnotowanie obciążenia zabezpieczenia generalnego podmiotu wysyłającego, kwotą akcyzy albo kwotą akcyzy i opłaty paliwowej albo następuje automatyczne odnotowanie objęcia tych wyrobów zabezpieczeniem ryczałtowym (art. 46f ustawy).
Jeżeli projekt e-DD zawiera prawidłowe i kompletne dane, w Systemie jest mu automatycznie nadawany numer referencyjny, a następnie e-DD jest automatycznie przesyłany do podmiotu wysyłającego, oraz do podmiotu odbierającego, będącego użytkownikiem Systemu (art. 46g ustawy).