Czy wykreślenie kontrahenta z rejestru VAT zawsze pozbawia podatnika prawa do odliczenia VAT?

Przy odliczaniu podatku VAT ważne jest sprawdzanie statusu kontrahentów (w praktyce m.in. w tzw. białej liście). Brak tej weryfikacji może bowiem spowodować zarzut niedochowania należytej staranności i skutkować zarazem brakiem prawa do odliczenia VAT przy zakupie towaru czy usługi. Należy mieć również na uwadze, że organy podatkowe odmawiają prawa do odliczenia VAT podatnikowi, jeżeli:

• na podstawie obiektywnych przesłanek zostanie udowodnione, że skorzystanie z tego prawa wiązałoby się z oszustwem lub nadużyciem,
• sam podatnik popełnia oszustwo lub nadużycie oraz gdy podatnik ten wiedział lub powinien był wiedzieć, że przez nabycie towaru uczestniczył w transakcji związanej z oszustwem w zakresie VAT.

Prawo do odliczenia VAT nie powinno jednak zostać odebrane, jeżeli podatnik - przy zachowaniu należytej staranności - nie mógł wiedzieć, że transakcja ta służy oszustwu lub nadużyciu w zakresie VAT.

Przykładowo z interpretacji indywidualnej Dyrektora KIS z dnia 19 czerwca 2023 r., nr 0112-KDIL1-2.4012.276.2018.14.DS wynika, że w okresie od września 2014 r. do marca 2017 r. spółka zawierała transakcje zakupu samochodów. Faktury zostały wystawione przez kontrahentów, którzy nie byli zarejestrowani dla celów podatku VAT na dzień ich wystawienia. Spółka nie wystąpiła do naczelnika urzędu skarbowego z wnioskiem o potwierdzenie rejestracji VAT kontrahentów przed dokonaniem transakcji. Jednocześnie wnioskodawca w jakikolwiek inny sposób nie sprawdzał, czy kontrahenci są zarejestrowanymi podatnikami VAT. Spółka występowała do urzędów skarbowych z wnioskiem o potwierdzenie rejestracji kontrahentów jako czynnych podatników VAT dopiero po podjęciu czynności sprawdzających przez urząd skarbowy (w wyniku, których dowiedziała się, że niektórzy kontrahenci nie byli zarejestrowani jako podatnicy VAT czynni w okresie, w którym wystawione zostały faktury).

W rozpatrywanej sprawie organ podatkowy wskazał, że:

• wnioskodawca prowadząc działalność gospodarczą w zakresie handlu samochodami (co do których przeciętny nabywca dokłada szczególnej staranności zarówno w zakresie ich stanu prawnego, jak i technicznego) przed dokonaniem transakcji z kontrahentami nie podjął wystarczających działań celem ich sprawdzenia - w tym czy działania tych podmiotów nie zmierzają do oszustw podatkowych i uchylenia się od opodatkowania;
• podatnik weryfikował kontrahentów poprzez analizę danych rejestru CEIDG oraz KRS, jednak spółka nie wie z jaką intencją i zamiarem działali sprzedawcy, a tym samym nie posiada wiedzy, czy czynności udokumentowane ww. fakturami nie stanowiły nadużycia prawa podatkowego w celu uzyskania korzyści majątkowej;
• przyjęcie przez podatnika, że kontrahenci są zarejestrowani jako czynni podatnicy VAT z uwagi na fakt, że współpraca z nimi miała charakter długofalowy i przebiegała nienagannie (numer rejestracyjny był zawsze podawany na wystawianych fakturach) nie stanowi o podjęciu przez wnioskodawcę niezbędnych działań;
• spółka nie posiada wiedzy, dlaczego kontrahenci nie byli zarejestrowani jako podatnicy VAT czynni, ani dlaczego mimo braku rejestracji wystawiali faktury;
• tylko część kontrahentów ostatecznie dokonała rejestracji (po tym jak spółka przekazała im informację o ustaleniach z czynności sprawdzających i konieczności rejestracji jako podatnicy VAT czynni), natomiast pozostała część nie zarejestrowała się pomimo zgłoszenia takiej konieczności przez spółkę;
• kontrahenci nie odprowadzili podatku należnego wynikającego z faktur, co wykazała weryfikacja plików JPK podczas czynności sprawdzających.

Zdaniem organu podatkowego Wnioskodawca nie podjął wystarczających działań zmierzających do rzetelnej weryfikacji podmiotów, z którymi podejmował współpracę. Dyrektor KIS podkreślił, że przy zachowaniu choćby podstawowego poziomu należytej staranności, szczególnie w tak podatnym na nadużycia gospodarcze obszarze, jakim jest handel samochodami, Wnioskodawca mógł podjąć dodatkowe czynności weryfikacyjne. W szczególności mógł zwrócić się do właściwego naczelnika urzędu skarbowego z wnioskiem o potwierdzenie wiarygodności kontrahentów oraz ich statusu podatkowego. W jego ocenie samo nawiązanie współpracy z kontrahentami nie było wystarczające. Wnioskodawca powinien był podjąć działania pozwalające ustalić, czy kontrahenci prowadzą rzeczywistą działalność gospodarczą oraz czy ich działania nie są ukierunkowane na udział w oszustwach podatkowych lub unikaniu opodatkowania. W konsekwencji Dyrektor KIS uznał, że spółce nie przysługiwało prawo do odliczenia podatku VAT wynikającego z faktur wystawionych przez kontrahentów, którzy w dniu wystawienia tych faktur nie byli zarejestrowani jako podatnicy VAT.

Co innego, gdy nabywca działał w dobrej wierze oraz dochował należytej staranności przy realizacji transakcji. Ponadto duże znaczenia ma również fakt czy kontrahenci (sprzedawcy) rozliczyli transakcje w pliku JPK_VAT i odprowadzili podatek należny wynikający z tych faktur. Uwzględniając orzecznictwo TSUE istotnym jest m.in., aby:

• transakcja (dostawa/usługa) wykazana na fakturze została faktycznie wykonana, jest to czynność opodatkowana oraz u sprzedawcy powstał obowiązek podatkowy (sprawa C-342/87),
• faktura zawiera informacje niezbędne do ustalenia tożsamości osoby, która ją wystawiła oraz wskazuje przedmiot dostawy lub rodzaj usługi (sprawa C-438/09),
• nabywca nie wiedział i nie przewidywał, że transakcja wiązała się z przestępstwem popełnionym przez dostawcę lub inny podmiot na wcześniejszym etapie obrotu (sprawa C-80/11 i C-142/11),
• nabywca dokonał weryfikacji dotyczącej wiarygodności sprzedawcy; zatem przezorny przedsiębiorca powinien, zależnie od okoliczności konkretnego przypadku, zasięgnąć informacji na temat podmiotu, u którego zamierza nabyć towary lub usługi, w celu upewnienia się co do jego wiarygodności (sprawa C-33/13).

W takich przypadkach organy podatkowe akceptują odliczenie VAT, czego przykładem są interpretacje indywidualne z dnia 7 kwietnia 2021 r., nr 0114-KDIP1-3.4012.86.2021.2.KP, z dnia 20 czerwca 2024 r., nr 0112-KDIL1-3.4012.231.2024.1.AKS czy z dnia 22 lipca 2026 r., nr 0113-KDIPT1-3.4012.418.2026.2.MK.

W tej ostatniej z przedstawionego stanu faktycznego wynika, że spółka jest czynnym podatnikiem podatku VAT. W okresie od października 2024 r. do kwietnia 2025 r. dokonywała odliczenia podatku VAT naliczonego z faktur otrzymanych od kontrahenta dokumentujących nabycie towarów/usług związanych z działalnością opodatkowaną VAT. Następnie w dniu 4 czerwca 2025 r. została poinformowana przez właściwy urząd skarbowy, że kontrahent ten został wykreślony z rejestru podatników VAT we wrześniu 2024 r., w związku z czym - zdaniem tego urzędu - spółka nie była uprawniona do odliczenia podatku VAT z faktur wystawionych przez ten podmiot po tej dacie. W rezultacie została wezwana do dokonania korekty deklaracji VAT za wskazany okres. Z uwagi na wątpliwości interpretacyjne spółka zwróciła się do Dyrektora KIS z pytaniem czy przysługuje jej prawo do odliczenia podatku VAT naliczonego z faktur wystawionych przez kontrahenta w okresie od października 2024 r. do kwietnia 2025 r., pomimo że kontrahent ten był w tym czasie wykreślony z rejestru podatników VAT, jeżeli obecnie wykazał te transakcje w złożonych plikach JPK.

Organ podatkowy wskazał między innymi, że prawidłowe funkcjonowanie systemu podatku VAT opiera się na działaniu podmiotów gospodarczych w dobrej wierze. Z kolei dobra wiara - zgodnie z opinią Rzecznika Generalnego w połączonych sprawach C-131/13, C-163/13 i C-164/13 - jest rozumiana w sposób szeroki, wykraczający poza klasyczne znaczenie tego pojęcia. Podkreślono, że wymóg dobrej wiary spełnia podatnik, który nie tylko nie uczestniczy czynnie w oszustwie, ale również nawet nie wie i nie może wiedzieć, że bierze w nim udział. Jest zatem wymagane, aby podatnik był uczciwy, ale także, by w razie potrzeby, podjął środki ostrożności celem upewnienia się w przedmiocie legalności prowadzonych transakcji. Jeżeli transakcja jest związana z oszustwem, skorzystanie z prawa do odliczenia jest uzależnione od dochowania przez podatnika należytej staranności, a więc od braku świadomego uczestnictwa w oszustwie i od podjęcia środków koniecznych celem pozyskania informacji dotyczących legalności przeprowadzanej transakcji. Przy czym wymóg dobrej wiary nie stanowi wymogu co do rezultatu, lecz zwykły wymóg odnoszący się do podjętych środków. Podmioty gospodarcze podejmujące wszelkie możliwe działania, których podjęcia można się od nich w sposób uzasadniony domagać celem zapewnienia, że realizowane przez nie transakcje nie są związane z oszustwem, powinny móc powołać się na ich legalność.

Organ podatkowy podkreślił również, że:

"(...) możliwość zawarcia transakcji z podmiotem uczestniczącym w oszustwie podatkowym, to także element ryzyka związanego z prowadzeniem działalności gospodarczej, z którym obecnie muszą liczyć się przedsiębiorcy.

Takie zdarzenia wyznaczają uczestnikom obrotu gospodarczego jeszcze wyższe standardy staranności kupieckiej. Problem ten dostrzegł także ustawodawca, wprowadzając do ustawy nowe regulacje, tj. obowiązujący od 1 stycznia 2014 r. przepis z art. 106m, który wprowadza pojęcie autentyczności pochodzenia i integralności faktury, wskazuje, że autentyczność pochodzenia, integralność treści oraz czytelność faktury można zapewnić za pomocą dowolnych kontroli biznesowych, które ustalają wiarygodną ścieżkę audytu między fakturą a dostawą towarów lub świadczeniem usług (art. 106m ust. 4) (...)".

Podkreślenia wymaga, że w interpretacji tej czytamy: "(...) należy stwierdzić, że w przedmiotowej sprawie Spółka (...) działała w dobrej wierze, transakcje były realne i udokumentowane. Faktury dokumentowały nabycie towarów/usług związanych z działalnością opodatkowaną VAT. Obecnie kontrahent (...) złożył do organów podatkowych zaległe pliki JPK, w których wykazał przedmiotowe transakcje oraz faktury wystawione na rzecz Spółki. Według wiedzy Wnioskodawcy kontrahent złożył deklaracje VAT oraz wykazał podatek należny (podkreślenie redakcji) (...)".

Wobec powyższego w ocenie Dyrektora KIS:

"(...) mając na uwadze, że czynności udokumentowane wskazanymi we wniosku fakturami były opodatkowane podatkiem VAT, a Spółka nabyte od kontrahenta usługi wykorzystuje do czynności opodatkowanych, stosownie do art. 86 ust. 1 ustawy, Spółce przysługuje prawo do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego z faktur wystawionych przez kontrahenta w okresie od października 2024 r. do kwietnia 2025 r. tj. w okresie, w którym kontrahent był wykreślony z rejestru podatników VAT, ale kontrahent złożył deklaracje VAT za ten okres oraz wykazał podatek należny i wykazał te transakcje w złożonych plikach JPK. Z odliczenia podatku mogą Państwo skorzystać w rozliczeniu za poszczególne okresy, w których łącznie spełnione zostały przesłanki z art. 86 ust. 10 i 10b pkt 1 ustawy (podkreślenie redakcji) (...)".

Jednocześnie prawo do odliczenia z faktury wystawionej przez kontrahenta za okres, w którym figurował on w rejestrze podatników VAT czynnych, ale został z niego wykreślony po dokonaniu transakcji również nie powinno być zakwestionowane. Jak stwierdził bowiem Dyrektor KIS w interpretacji indywidualnej z dnia 17 kwietnia 2025 r., nr 0111-KDIB3-1.4012.107.2025.2.KO: "(...) fakt, że po wykonaniu usługi i wystawieniu faktury Kontrahent został wykreślony z rejestru podatników VAT, nie wpływa na prawo Pana do odliczenia naliczonego VAT z faktury za wykonaną usługę budowlaną (...)".

Podsumowując, zdaniem redakcji, sam fakt wykreślenia kontrahenta z rejestru podatników VAT nie może automatycznie pozbawiać podatnika prawa do odliczenia podatku VAT. Przy ocenie prawa do odliczenia znaczenie ma rzeczywisty charakter transakcji oraz okoliczności, w jakich doszło do jej zawarcia i wykonania.

Ponadto istotnym jest czy nabywca działał w dobrej wierze, dochował należytej staranności oraz czy kontrahenci (sprzedawcy) zostali przywróceni/lub ponownie zarejestrowani w rejestrze VAT i rozliczyli transakcje w pliku JPK_VAT oraz odprowadzili podatek należny wynikający z otrzymanych faktur. Warto zatem przyjrzeć się, czy wykreślenie kontrahenta z rejestru VAT samo w sobie wystarczy do zakwestionowania prawa do odliczenia, czy też organy podatkowe uwzględnią szerszy kontekst danej transakcji.