Faktury sprzed obowiązkowego KSeF omyłkowo w systemie - wyjaśnienie Dyrektora KIS
Zgodnie z art. 108 ust. 1 ustawy o VAT, w przypadku gdy osoba prawna, jednostka organizacyjna niemająca osobowości prawnej lub osoba fizyczna wystawi fakturę, w której wykaże kwotę podatku, jest obowiązana do jego zapłaty.
Dyrektor Krajowej Informacji Skarbowej w interpretacji indywidualnej z dnia 23 czerwca 2026 r., nr 0114-KDIP1-3.4012.298.2026.1.KP wyjaśnił, że obowiązek zapłaty podatku wynikający z ww. przepisu - poza sytuacją dotyczącą udokumentowania fakturą czynności niepodlegającej opodatkowaniu VAT, czy też czynności, która w ogóle nie została zrealizowana (tzw. pusta faktura) - może wystąpić również, jeżeli podatnik wystawi kilka faktur dokumentujących tę samą czynność. Jeżeli bowiem dokonana przez podatnika na rzecz kontrahenta czynność opodatkowana VAT zostanie udokumentowana dwoma różnymi fakturami, to co do zasady podatnik będzie obowiązany do zapłaty wykazanego podwójnie podatku (za tę samą czynność opodatkowaną).
Rozstrzygana przez organ podatkowy sprawa dotyczyła ustalenia, czy omyłkowe wprowadzenie prze podatnika do KSeF faktur uprzednio wystawionych prawidłowo poza systemem, tj. przed wejściem w życie obligatoryjnego KSeF, powinno skutkować wystawieniem faktur korygujących.
Organ podatkowy zwrócił przede wszystkim uwagę, że system KSeF nie przewiduje możliwości anulowania, usunięcia czy edytowania wprowadzonej do niego faktury. Wskazano, że faktura po przyjęciu do KSeF staje się dokumentem prawnym, pozostającym w obiegu gospodarczym. W momencie przydzielenia przez system KSeF danej fakturze numeru, uznawana jest ona jako otrzymana przez nabywcę towaru bądź usługi. Zatem, jeżeli faktura wprowadzona do KSeF została wprowadzona przez pomyłkę, bądź zawiera błędy, należy każdorazowo zweryfikować je fakturą korygującą również wystawioną w KSeF. W konsekwencji jedynym sposobem wyeliminowania z KSeF dokumentu wprowadzonego omyłkowo jest wystawienie faktury korygującej, o której mowa w art. 106j ust. 1 ustawy o VAT.
Jak czytamy w niniejszym wyjaśnieniu: "(...) W opisanej sytuacji, pierwotne faktury sprzedaży zostały wystawione w lutym 2026 r. oraz w marcu 2026 r. - do 24 dnia tego miesiąca. Faktury te, jak wynika z opisu sprawy, przedstawiają zdarzenie gospodarcze mające faktycznie miejsce, zostały przesłane do kontrahentów oraz wystawione i rozliczone zgodnie z obowiązującymi przepisami. Obowiązek wystawiania faktur ustrukturyzowanych powstał dla Pana od 1 kwietnia 2026 r. 24 marca 2026 r., w wyniku omyłki te same faktury zostały przesłane do systemu KSeF i system przydzielił im numery.
Tym samym, należy stwierdzić, że faktury wysłane do KSeF, zgodnie z obowiązującymi przepisami, zostały błędnie wprowadzone do obrotu prawnego, gdyż dokumentują zdarzenia gospodarcze, które już były udokumentowane fakturami wysłanymi w sposób elektroniczny. Jak już wyżej wskazano, jedynym sposobem na wyeliminowanie ich z obrotu prawnego jest wystawienie do nich faktur korygujących. Faktury korygujące powinny być w tym przypadku wystawione »do zera«, gdyż zostały one omyłkowo wprowadzone do Krajowego Systemu e-Faktur, w którym nie powinny się znaleźć (podkreślenie redakcji) (...)".
Zwrócono uwagę, że na powyższe nie ma wpływu fakt, że do transferu faktur do KSeF doszło w czasie, kiedy podatnik nie był jeszcze zobowiązany do wystawiania faktur ustrukturyzowanych, jak również duża liczba faktur, które zostały drugi raz wprowadzone do obrotu. Pozostawienie w systemie omyłkowo przesłanych faktur do KSeF, w opinii organu prowadziłoby do ryzyka zastosowania przez organ podatkowy art. 108 ust. 1 ustawy o VAT.
Jak czytamy: "(...) W sytuacji omyłkowego przesłania do Krajowego Systemu e-Faktur (KSeF) faktur sprzedaży wystawionych przed dniem powstania obowiązku korzystania z KSeF, tj. przed dniem 1 kwietnia 2026 r., jest Pan zobowiązany do skorygowania tych faktur, które zostały błędnie wprowadzone do obrotu prawnego w celu ich wyeliminowania z systemu KSeF skoro faktury te zostały wcześniej prawidłowo wystawione poza systemem KSeF, doręczone kontrahentom oraz prawidłowo rozliczone podatkowo. Fakt nadania numerów identyfikacyjnych KSeF fakturom przesłanym omyłkowo przed dniem powstania obowiązku korzystania z KSeF nie powoduje obowiązku ich formalnego korygowania wyłącznie z uwagi na fakt ich zapisania w systemie KSeF. Obowiązek korekty wynika z wprowadzenia do obrotu prawnego faktur, które zostały wcześniej wystawione poza KSeF w formie elektronicznej (...)".
Z kolei w interpretacji indywidualnej z dnia 6 sierpnia 2026 r., nr 0114-KDIP1-1.4012.361.2026.2.MŻ Dyrektor KIS wyjaśnił, że: "(...) Jeżeli natomiast najpierw wystawiono fakturę poza KSeF i weszła ona do obrotu prawnego poza systemem, a następnie po określonym czasie przesłano ją do KSeF, a przesłany do KSeF plik xml odpowiadał treści faktury, która weszła wcześniej do obrotu prawnego poza systemem, to pomimo nieprawidłowego postępowania nie wystąpił obowiązek jej korekty »do zera«, z uwagi na możliwą jednoznaczną identyfikację, że dokument znajdujący się w KSeF i dokument poza KSeF stanowią w istocie tę samą fakturę. W sytuacji natomiast gdyby treść przesłanego do KSeF pliku różniła się od treści wcześniej wystawionej poza systemem faktury (w szczególności w zakresie elementów takich jak w zakresie data wystawienia w polu P_1, kolejny numer faktury nadany przez podatnika w polu P_2, data dostawy/wykonania usługi w polu P_6, pozycja faktury w części FaWiersz oraz kwota należności ogółem w polu P_15), to przesłany do KSeF plik xml mógłby zostać uznany przez organ podatkowy (po analizie stanu faktycznego konkretnej sprawy) za kolejną wystawioną fakturę i w konsekwencji zastosowanie mógłby znaleźć w tym przypadku art. 108 ustawy o VAT. Wówczas zasadne było skorygowanie przesłanych nieprawidłowo do KSeF faktur »do zera« (podkreślenie redakcji) (...)".
