Zasady zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym

Spółka z o.o. rozlicza VAT za okresy miesięczne. W sierpniu 2026 r. wykonywała czynności opodatkowane 23% stawką VAT oraz na potrzeby prowadzonej działalności gospodarczej nabywała towary/usługi. Ostatecznie w rozliczeniu JPK_VAT za ten okres wystąpiła nadwyżka podatku naliczonego nad należnym. Zdecydowała się na bezpośredni jego zwrot. Czy ma możliwość podziału kwoty zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym za jeden okres rozliczeniowy (tj. za sierpień 2026 r.) w taki sposób, aby część tej kwoty została zwrócona na rachunek VAT (w terminie 25 dni), a pozostała część na rachunek rozliczeniowy (w terminie 40 dni)?

1. Podstawowy i wydłużony termin zwrotu VAT

» Podstawowy termin zwrotu wynoszący 40 dni

Zgodnie z art. 87 ust. 1 ustawy o VAT w przypadku wystąpienia w rozliczeniu za dany okres rozliczeniowy nadwyżki podatku naliczonego nad należnym podatnik może nadwyżkę tę wykazać m.in. do zwrotu na rachunek bankowy.

Podstawowy termin zwrotu VAT na rachunek bankowy - w myśl art. 87 ust. 2 ustawy o VAT - wynosi 40 dni, licząc od dnia złożenia rozliczenia przez podatnika. Prawo do zwrotu nadwyżki VAT naliczonego nad należnym w ww. podstawowym terminie nie wymaga spełnienia żadnych dodatkowych warunków.

» Zwrot w terminie 180 dni

Jeśli w danym okresie rozliczeniowym podatnik nie wykonał czynności opodatkowanych podatkiem VAT oraz czynności wymienionych w art. 86 ust. 8 pkt 1, wówczas stosownie do art. 87 ust. 5a ustawy o VAT, przysługuje mu zwrot w terminie 180 dni od dnia złożenia rozliczenia.

Termin ten można skrócić do 60 dni, pod warunkiem, że podatnik złoży wniosek na piśmie w tej sprawie oraz złoży zabezpieczenie majątkowe w wysokości odpowiadającej kwocie wnioskowanego zwrotu podatku w formach, o których mowa w art. 87 ust. 4a-4b.

2. Przyspieszony termin zwrotu na rachunek bankowy lub rachunek VAT

W myśl art. 87 ust. 6 ustawy o VAT, urząd skarbowy jest obowiązany dokonać zwrotu różnicy podatku, o której mowa w art. 87 ust. 2, w terminie 25 dni, licząc od dnia złożenia rozliczenia, w przypadku gdy łącznie spełnione są następujące warunki:

1) kwoty podatku naliczonego, wykazane w deklaracji podatkowej, z wyłączeniem kwoty podatku naliczonego lub różnicy podatku, o której mowa w art. 87 ust. 1, nierozliczonej w poprzednich okresach rozliczeniowych i wykazanej w deklaracji, wynikają z:

a) faktur dokumentujących kwoty należności, które zostały w całości zapłacone za pośrednictwem rachunku bankowego podatnika w banku mającym siedzibę na terytorium kraju albo rachunku podatnika w spółdzielczej kasie oszczędnościowo-kredytowej, której jest członkiem, wskazanego w zgłoszeniu identyfikacyjnym, o którym mowa w odrębnych przepisach,

b) faktur, innych niż wymienione w lit. a), dokumentujących należności, jeżeli łączna kwota tych należności nie przekracza 15.000 zł,

c) dokumentów celnych, deklaracji importowej oraz decyzji, o których mowa w art. 33 ust. 2 i 3 oraz art. 34, i zostały przez podatnika zapłacone,

d) importu towarów rozliczanego zgodnie z art. 33a, wewnątrzwspólnotowego nabycia towarów, świadczenia usług, dla którego podatnikiem jest ich usługobiorca, lub dostawy towarów, dla której podatnikiem jest ich nabywca, jeżeli w deklaracji podatkowej została wykazana kwota podatku należnego od tych transakcji,

2) kwota podatku naliczonego lub różnicy podatku, o której mowa w art. 87 ust. 1, nierozliczona w poprzednich okresach rozliczeniowych i wykazana w deklaracji nie przekracza 3.000 zł,

3) podatnik złoży w urzędzie skarbowym, nie później niż w dniu złożenia deklaracji, potwierdzenie zapłaty należności, o których mowa w pkt 1 lit. a),

4) podatnik przez kolejne 12 miesięcy poprzedzających bezpośrednio okres, w rozliczeniu za który występuje z wnioskiem o zwrot w terminie 25 dni:

a) był zarejestrowany jako podatnik VAT czynny,

b) składał za każdy okres rozliczeniowy deklaracje, o których mowa w art. 99 ust. 1-3

- przy czym przepisy art. 87 ust. 2 zdanie drugie i trzecie, ust. 2a-2c oraz ust. 4a-4f stosuje się odpowiednio.

Natomiast zgodnie z art. 87 ust. 6a ustawy o VAT na wniosek podatnika, zawarty w złożonej deklaracji podatkowej, urząd skarbowy jest obowiązany dokonać zwrotu różnicy podatku na rachunek VAT podatnika w przyspieszonym terminie, tj. 25 dni, licząc od dnia złożenia rozliczenia bez konieczności spełnienia dodatkowych warunków.

Jak czytamy na stronie internetowej www.podatki.gov.pl: "(...) Zwrot nadwyżki podatku naliczonego nad należnym na rachunek VAT otrzymasz w terminie 25 dni od dnia złożenia rozliczenia JPK_VAT z deklaracją. Aby otrzymać ten szybki zwrot na rachunek VAT nie musisz spełniać dodatkowych warunków. (...) Terminy zwrotu podatku mogą być przedłużone (z wyjątkiem zwrotu na rachunek VAT) (...)".

3. VAT do zwrotu w terminie 15-dniowym

Na podstawie art. 87 ust. 6d urząd skarbowy jest obowiązany do zwrotu VAT w terminie 15 dni, licząc od dnia:

1) w którym upłynął termin do złożenia deklaracji, o której mowa w art. 99 ust. 1-3, w przypadku złożenia:

a) deklaracji, w której podatnik wykazał zwrot różnicy podatku,

b) korekty deklaracji, w której podatnik wykazał zwrot różnicy podatku, jeżeli jej złożenie nastąpiło przed upływem terminu do złożenia deklaracji;

2) złożenia korekty deklaracji, w której podatnik wykazał zwrot różnicy podatku, jeżeli jej złożenie nastąpiło po upływie terminu do złożenia deklaracji.

Zwrot jest dokonywany w powyższym terminie, gdy łącznie są spełnione warunki wymienione w art. 87 ust. 6e ustawy o VAT:

1) za trzy kolejne okresy rozliczeniowe (a w przypadku podatnika rozliczającego się kwartalnie - za jeden okres rozliczeniowy) poprzedzające bezpośrednio okres, w rozliczeniu za który podatnik występuje z wnioskiem o zwrot, udział procentowy:

a) łącznej wartości sprzedaży wraz z podatkiem zaewidencjonowanej przy zastosowaniu kas rejestrujących (tj. kas on-line, wirtualnych) w danym okresie rozliczeniowym w całkowitej wartości sprzedaży wraz z podatkiem dokonanej w danym okresie, był nie niższy niż 80%;

b) otrzymanych płatności zrealizowanych z wykorzystaniem instrumentów płatniczych, w tym również przy użyciu usługi polecenia przelewu w rozumieniu ustawy z dnia 19 sierpnia 2011 r. o usługach płatniczych (Dz. U. z 2026 r. poz. 623) z tytułu sprzedaży wraz z podatkiem, zaewidencjonowanej przy zastosowaniu kas on-line/wirtualnych, dokumentowanej paragonami z oznaczeniem, z którego wynika, że płatność została dokonana przy użyciu karty płatniczej, przez wykonanie płatności mobilnej lub polecenia przelewu, zgodnym z formą otrzymanej płatności, w stosunku do łącznej wartości sprzedaży wraz z podatkiem zaewidencjonowanej przy zastosowaniu tych kas w danym okresie rozliczeniowym, był nie niższy niż 80%;

2) przez kolejne 6 miesięcy poprzedzających bezpośrednio okres, w rozliczeniu za który podatnik występuje z wnioskiem o zwrot, łączna wartość sprzedaży wraz z podatkiem, zaewidencjonowanej przez tego podatnika przy zastosowaniu kas on-line/wirtualnych, za każdy okres rozliczeniowy była nie niższa niż 40.000 zł;

3) za okres, w rozliczeniu za który podatnik występuje z wnioskiem o zwrot:

a) kwota różnicy podatku, wykazana przez podatnika nie przekracza dwukrotnej wysokości podatku wynikającego u tego podatnika ze sprzedaży zaewidencjonowanej w okresie rozliczeniowym przy zastosowaniu kas on-line/wirtualnych,

b) kwota podatku naliczonego lub różnicy podatku, nierozliczona w poprzednich okresach rozliczeniowych i wykazana w deklaracji nie przekracza 3.000 zł,

c) w przypadku, o którym mowa w art. 87 ust. 6d pkt 1 lit. a) ustawy o VAT (czyli złożenia pierwotnej deklaracji z wykazanym zwrotem) podatnik złożył deklarację przed upływem terminu do jej złożenia;

4) podatnik przez kolejne:

a) 12 miesięcy poprzedzających bezpośrednio okres, w rozliczeniu za który występuje z wnioskiem o zwrot:

• był zarejestrowany jako podatnik VAT czynny,
• składał za każdy okres rozliczeniowy deklaracje (JPK_V7M/V7K);

b) 3 miesiące poprzedzające bezpośrednio okres, w rozliczeniu za który występuje z wnioskiem o zwrot, posiadał rachunek rozliczeniowy lub imienny rachunek w SKOK, zawarty w wykazie podatników VAT, w tzw. białej liście;

c) 6 miesięcy poprzedzających bezpośrednio okres, w rozliczeniu za który występuje z wnioskiem o zwrot, prowadził ewidencję sprzedaży przy zastosowaniu wyłącznie kas on-line/wirtualnych.

4. Sposób realizacji przez podatnika zwrotu w części deklaracyjnej JPK_VAT

Deklarując nadwyżkę VAT naliczonego nad należnym lub kwotę podatku naliczonego do zwrotu bezpośredniego podatnik powinien wskazać termin zwrotu w części deklaracyjnej JPK_VAT.

Rozporządzenie w sprawie JPK_VAT z deklaracją określa szczegółowy zakres danych zawartych w deklaracjach podatkowych VAT oraz zawiera objaśnienia co do sposobu wypełniania i miejsca składania deklaracji. Z rozporządzenia tego wynika, że deklaracje zawierają dane niezbędne do obliczenia wysokości podatku lub zwrotu podatku wraz z oznaczeniem sposobu dokonania tego zwrotu (§ 2 pkt 10 ww. rozporządzenia). Dane te zgodnie z § 6 pkt 4 ww. rozporządzenia obejmując wysokość nadwyżki podatku naliczonego nad należnym:

a) do zwrotu na rachunek wskazany przez podatnika wraz z oznaczeniem sposobu dokonania tego zwrotu jako:

• zwrot w terminie, o którym mowa w art. 87 ust. 6d ustawy (tj. w terminie 15 dni) albo
• zwrot na rachunek VAT, o którym mowa w art. 87 ust. 6a ustawy (tj. w terminie 25 dni), albo
• zwrot w terminie, o którym mowa w art. 87 ust. 6 ustawy (tj. w terminie 25 dni), albo
• zwrot w terminie, o którym mowa w art. 87 ust. 2 ustawy (tj. w terminie 40 dni), albo
• zwrot w terminie, o którym mowa w art. 87 ust. 5a zdanie pierwsze ustawy (tj. zwrot w terminie 180 dni),

b) do przeniesienia na następny okres rozliczeniowy.

Podobnie w objaśnieniach co do sposobu wypełniania i miejsca składania deklaracji oraz sposobu wykazywania danych w ewidencji przesyłanej zgodnie z art. 109 ust. 3b i 3c ustawy o VAT (punkt 6.1.), stanowiących załącznik do ww. rozporządzenia, wskazano, że podatnik wykazuje wysokość nadwyżki podatku naliczonego nad należnym do zwrotu na wskazany przez siebie rachunek wraz z oznaczeniem sposobu dokonania tego zwrotu poprzez wybranie konkretnego pola wyboru (tak jak powyżej w punkcie a)). Zatem z przywołanych powyżej przepisów wykonawczych do ustawy o VAT wynika sposób realizacji przez podatnika zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym. Występując o zwrot różnicy podatku na swój rachunek, podatnik w części deklaracyjnej pliku JPK_VAT z deklaracją wskazuje, który z przewidzianych przez ustawodawcę trybów zwrotu wybiera - czy tak jak w treści pytania zwrot na rachunek VAT (o którym mowa w art. 87 ust. 6a ustawy o VAT) czy też zwrot w terminie określonym w art. 87 ust. 2 tej ustawy. Użycie przez ustawodawcę spójnika "albo" oznacza, że podatnik nie może podzielić kwoty zwrotu pomiędzy oba wskazane tryby. Tym samym niedopuszczalne jest dokonanie części zwrotu na rachunek VAT w terminie 25 dni, a pozostałej części na rachunek rozliczeniowy podatnika w terminie 40 dni.

Takie stanowisko potwierdził Dyrektor KIS w interpretacji indywidualnej z dnia 11 sierpnia 2026 r., nr 0111-KDIB3-3.4012.214.2026.1.MPU. Czytamy w niej m.in.: "(...) możliwy jest wybór wyłącznie jednego rodzaju zwrotu różnicy podatku, tzn. podatnik nie może wystąpić w jednej deklaracji o zwrot części nadwyżki na rachunek VAT i jednocześnie o zwrot pozostałej części na rachunek rozliczeniowy.

Konstrukcja przepisu art. 87 ust. 6a ustawy, wskazuje, że przepis ten nie dopuszcza możliwości »podziału« przez podatnika w jednej deklaracji kwoty nadwyżki podatku naliczonego nad należnym, o której mowa w ust. 2 i wykazania części tej nadwyżki do zwrotu w terminie 25 dni na rachunek VAT, a w pozostałej części do zwrotu na rachunek rozliczeniowy. Przepis ten wskazuje, że urząd skarbowy jest obowiązany dokonać zwrotu różnicy podatku, o której mowa w ust. 2, na rachunek VAT podatnika, zatem urząd skarbowy zwraca różnicę - a nie jej część - pomiędzy kwotą wykazanego podatku należnego, a kwota podatku naliczonego, które podatnik ujął w deklaracji. Przepisy ustawy o VAT nie pozwalają, aby w JPK_VAT w części deklaracyjnej podatnik wykazał część nadwyżki podatku naliczonego nad należnym do zwrotu na rachunek VAT, a pozostałą część do zwrotu na rachunek bankowy (...)".