Korekta JPK_VAT a okres przechowywania dokumentów

Spółka z o.o. (czynny podatnik VAT) zamierza złożyć korektę deklaracji. Czy złożenie korekty za dany miesiąc będzie skutkowało ponownym ustaleniem okresu przechowywania deklaracji, ewidencji dla celów rozliczania podatku oraz wszystkich dokumentów, na podstawie których została sporządzona korekta deklaracji (z uwzględnieniem daty zapłaty podatku, daty zwrotu nadpłaty lub nadwyżki podatku naliczonego nad należnym wynikającej z tej korekty)?

Regulacje ustawowe

• Ustawa o VAT

Zgodnie z art. 112 ustawy o VAT, podatnicy są obowiązani przechowywać ewidencje prowadzone dla celów rozliczania podatku oraz wszystkie dokumenty, w szczególności faktury, związane z tym rozliczaniem do czasu upływu terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego (z zastrzeżeniami dotyczącymi procedur szczególnych, np. procedury dotyczącej sprzedaży na odległość towarów importowanych).

Natomiast faktury ustrukturyzowane są przechowywane w Krajowym Systemie e-Faktur (KSeF) przez okres 10 lat, licząc od końca roku, w którym zostały wystawione. Po upływie tego okresu podatnik przechowuje faktury ustrukturyzowane poza KSeF do czasu upływu terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego. Tak stanowi art. 112aa ww. ustawy.

• Ordynacja podatkowa

W art. 86 § 1 Ordynacji podatkowej wskazano, że podatnicy obowiązani do prowadzenia ksiąg podatkowych przechowują księgi i związane z ich prowadzeniem dokumenty do czasu upływu okresu przedawnienia zobowiązania podatkowego, chyba że ustawy podatkowe stanowią inaczej.

Stosownie do art. 3 pkt 4 i 5 ww. ustawy, ilekroć w ustawie jest mowa o:

• księgach podatkowych - rozumie się przez to księgi rachunkowe, podatkową księgę przychodów i rozchodów, ewidencje oraz rejestry, do których prowadzenia, do celów podatkowych, na podstawie odrębnych przepisów, obowiązani są podatnicy, płatnicy lub inkasenci,
• deklaracjach - rozumie się przez to również zeznania, wykazy, zestawienia, sprawozdania oraz informacje, do których składania obowiązani są, na podstawie przepisów prawa podatkowego, podatnicy, płatnicy i inkasenci.

Księgi podatkowe i dokumenty źródłowe będące odzwierciedleniem zapisów znajdujących się w tych księgach należy zatem przechowywać przez okres równy okresowi przedawnienia zobowiązania podatkowego.

Zobowiązaniem podatkowym jest z kolei wynikające z obowiązku podatkowego zobowiązanie podatnika do zapłacenia na rzecz Skarbu Państwa, województwa, powiatu albo gminy podatku w wysokości, w terminie oraz w miejscu określonych w przepisach prawa podatkowego (art. 5 ww. ustawy).

Z art. 70 § 1 O.p. wynika, że zobowiązanie podatkowe przedawnia się z upływem 5 lat, licząc od końca roku kalendarzowego, w którym upłynął termin płatności podatku. Przedawnienie zobowiązania podatkowego oznacza, że po upływie określonego czasu - od momentu powstania zobowiązania podatkowego - zobowiązanie to wygasa, a organ podatkowy, po upływie terminu przedawnienia, nie może domagać się uregulowania (nie ma możliwości wyegzekwowania) należnego świadczenia. Termin ten może ulec wydłużeniu w związku z zawieszeniem lub przerwaniem biegu terminu zawieszenia (patrz: art. 70 § 2-7 O.p.). Kwestie te pomijamy jako niedotyczące pytania, ale należy je mieć na uwadze.

Podsumowując, zgodnie z O.p. podatnik ma obowiązek przechowania ksiąg podatkowych i związanych z ich prowadzeniem dokumentów do czasu upływu okresu przedawnienia zobowiązania podatkowego, tj. - co do zasady - przez pięć lat, licząc od końca roku kalendarzowego, w którym upłynął termin płatności podatku (o ile nie został zawieszony/przerwany bieg terminu przedawnienia).

UWAGA! Na temat okresów przechowywania zbiorów księgowych - z uwzględnieniem przepisów o rachunkowości - pisaliśmy w BI nr 23 z 10 sierpnia 2025 r. Kwestię tę pomijamy.

Stanowisko KIS

Na temat wpływu korekty deklaracji na okres przechowywania dokumentów wypowiedział się Dyrektor KIS w interpretacji indywidualnej z 23 lipca 2025 r., nr 0112-KDIL1-2.4012.236.2025.1.AS. Biorąc pod uwagę ww. przepisy O.p. organ uznał, że złożenie korekty deklaracji za dany miesiąc nie skutkuje ponownym ustaleniem okresu przedawnienia, a tym samym okresu przechowywania deklaracji, ewidencji dla celów rozliczania podatku oraz wszystkich dokumentów, na podstawie których została sporządzona korekta deklaracji z uwzględnieniem daty zapłaty zobowiązania podatkowego, daty zwrotu nadpłaty lub nadwyżki podatku naliczonego nad należnym wynikającej z tej korekty.

Organ poparł to stanowisko wyrokami sądów administracyjnych (patrz: wyrok NSA z 13 grudnia 2018 r. sygn. akt II FSK 3416/16 i wyrok NSA z 30 lipca 2020 r., sygn. akt I FSK 128/20), z których wynika, że:

• bieg terminu przedawnienia otwiera deklaracja pierwotna i ewentualnie dokonany na jej podstawie zwrot; kolejne składane przez podatnika korekty deklaracji raz otwartego biegu terminu przedawnienia nie zmieniają;
• okoliczność, że w każdym przypadku złożenia korekty deklaracji z wykazaną kwotą do zwrotu organ podatkowy dokonuje tego zwrotu w terminie 60 dni od daty złożenia korekty nie oznacza, że każda taka korekta i dokonany na jej podstawie zwrot prowadzi do "odnowienia" biegu terminu przedawnienia - pogląd taki pozostaje w sprzeczności z art. 70 Ordynacji podatkowej, który nie przewiduje, aby mogło następować wielokrotne rozpoczęcie biegu terminu przedawnienia tego samego zobowiązania;
• korekta deklaracji nie powoduje powstania nowego zobowiązania, ale modyfikuje wysokość (formę rozliczenia) zobowiązania raz już powstałego.