Obowiązek przesyłania plików JPK przez podatnika zwolnionego przedmiotowo z CIT - interpretacja KIS

(interpretacja indywidualna Dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej z 11 lipca 2025 r., nr 0114-KDIP2-2.4010.247.2025.1.PK)

Stan faktyczny oraz stanowisko podatnika

Statutowym celem działania Samodzielnego Publicznego Zakładu Opieki Zdrowotnej (dalej: SP ZOZ) było zapewnienie świadczeń zdrowotnych oraz promocja zdrowia. Szpital prowadził księgi rachunkowe przy użyciu programu komputerowego i jednoczesne korzystał ze zwolnienia przedmiotowego z CIT na podstawie art. 17 ust. 1 pkt 4 ustawy o PDOP, jako jednostka przeznaczająca dochód na cele statutowe w zakresie ochrony zdrowia. Przepis ten przewiduje bowiem zwolnienie o charakterze warunkowym dla podatników, których celem statutowym jest określona w ustawie działalność, m.in. w zakresie ochrony zdrowia, pomocy społecznej i kształcenia studentów. Zwolnienie obejmuje dochody w części przeznaczonej na cele statutowe. Opodatkowaniu podatkiem dochodowym podlegały natomiast dochody przeznaczone na wydatki, które nie stanowią realizacji celu statutowego (tj. dochody w części nieprzeznaczonej na cele statutowe). SP ZOZ rozliczał je w ramach zeznania rocznego. Wydatki takie dotyczyły m.in. zapłaty składek na PFRON, kar, kosztów sądowych, odsetek budżetowych. Wydatki te, zgodnie z art. 16 ustawy o PDOP, nie stanowią kosztów uzyskania przychodów.

W związku z powyższym SP ZOZ zwrócił się do organu podatkowego z pytaniem, czy będzie zwolniony z obowiązku przesyłania właściwemu naczelnikowi urzędu skarbowego ksiąg rachunkowych po zakończeniu roku podatkowego (JPK_KR_PD), w terminie do dnia upływu terminu złożenia zeznania za pomocą środków komunikacji elektronicznej, w postaci elektronicznej odpowiadającej stosownej strukturze logicznej.

Zdaniem pytającego, obowiązek przesyłania JPK nie dotyczy SP ZOZ, gdyż znajduje w tym przypadku zastosowanie zwolnienie wynikające z art. 9 ust. 1d pkt 2 ustawy o PDOP dotyczące podatników osiągających wyłącznie dochody wolne od podatku na podstawie art. 17 ust. 1 ustawy o PDOP.

Stanowisko organu podatkowego

W odpowiedzi organ podatkowy uznał stanowisko SP ZOZ za nieprawidłowe. Jednocześnie organ przypomniał, że zgodnie z art. 9 ust. 1c ustawy o PDOP, podatnicy prowadzący księgi rachunkowe są obowiązani prowadzić te księgi przy użyciu programów komputerowych oraz przesyłać właściwemu naczelnikowi urzędu skarbowego te księgi po zakończeniu roku podatkowego, w terminie do dnia upływu terminu złożenia zeznania za pomocą środków komunikacji elektronicznej, w postaci elektronicznej odpowiadającej strukturze logicznej, o której mowa w art. 193a § 2 Ordynacji podatkowej, na zasadach dotyczących przesyłania ksiąg podatkowych lub ich części określonych w przepisach wydanych na podstawie art. 193a § 3 Ordynacji podatkowej (dalej: przesyłanie JPK_CIT).

Ponadto w art. 66 ust. 2 ustawy z 29 października 2021 r. o zmianie ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych, ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych oraz niektórych innych ustaw (Dz. U. poz. 2105 ze zm.; dalej: ustawy zmieniającej) wskazano terminy, kiedy poszczególni podatnicy po raz pierwszy zobowiązani będą do przesyłania JPK_CIT.

Księgi, o których mowa w art. 9 ust. 1c i 1e ustawy o PDOP, są prowadzone przy użyciu programów komputerowych i przesyłane po raz pierwszy za rok podatkowy, a w przypadku spółek niebędących osobami prawnymi - za rok obrotowy, rozpoczynający się po dniu:

1) 31 grudnia 2024 r. - w przypadku:

a) podatkowych grup kapitałowych,

b) podatników i spółek niebędących osobami prawnymi, u których wartość przychodu uzyskanego w poprzednim odpowiednio roku podatkowym albo roku obrotowym przekroczyła równowartość 50 mln euro przeliczonych na złote według średniego kursu euro ogłaszanego przez NBP w ostatnim dniu roboczym poprzedniego odpowiednio roku podatkowego albo roku obrotowego;

2) 31 grudnia 2025 r. - w przypadku podatników i spółek niebędących osobami prawnymi, obowiązanych do przesyłania ewidencji, o której mowa w art. 109 ust. 3 ustawy zmienianej w art. 14, zgodnie z art. 109 ust. 3b tej ustawy;

3) 31 grudnia 2026 r. - w przypadku pozostałych podatników i spółek niebędących osobami prawnymi.

Odnosząc się do pytającej jednostki organ podatkowy wskazał, że korzysta ona ze zwolnienia przedmiotowego na podstawie art. 17 ust. 1 pkt 4 ustawy o PDOP, który stanowi, że wolne od podatku są dochody podatników, z zastrzeżeniem ust. 1c, których celem statutowym jest działalność naukowa, naukowo-techniczna, oświatowa, w tym również polegająca na kształceniu studentów, kulturalna, w zakresie kultury fizycznej i sportu, ochrony środowiska, wspierania inicjatyw społecznych na rzecz budowy dróg i sieci telekomunikacyjnej na wsi oraz zaopatrzenia wsi w wodę, dobroczynności, ochrony zdrowia i pomocy społecznej, rehabilitacji zawodowej i społecznej inwalidów oraz kultu religijnego - w części przeznaczonej na te cele.

Zwolnienie, o którym mowa powyżej, obejmuje tylko tę część dochodów, która przeznaczona zostanie na cele statutowe wskazane w tym przepisie i na te cele faktycznie zostanie wydatkowana.

Przez działalność statutową podatnika należy rozumieć te rodzaje działalności, które ujęte zostały w jego statucie. Określenie celów statutowych pod kątem uprawnień podatkowych musi być precyzyjne i ścisłe. Z podatkowego punktu widzenia chodzi bowiem o zwolnienie dochodu od podatku, a zatem zastosowanie instytucji będącej wyjątkiem od reguły, jaką jest opodatkowanie dochodów osób prawnych.

Zastosowanie przedmiotowego zwolnienia zależy nie tylko od przeznaczenia osiągniętego dochodu na preferowane ustawą cele statutowe, ale także od faktycznego wydatkowania go na te cele. Użyte przez ustawodawcę w art. 17 ust. 1 pkt 4 ustawy o PDOP sformułowanie "w części przeznaczonej na te cele" oznacza, że jeżeli statut będzie przewidywał również realizację innych celów niż wymienione w tym przepisie, to przeznaczenie dochodów podatnika na realizację tych "innych celów" nie będzie stanowiło podstawy do zwolnienia od opodatkowania.

Jak zauważył organ podatkowy, przedmiotem wątpliwości SP ZOZ jest kwestia ustalenia, czy będzie mu przysługiwało zwolnienie z obowiązku przesyłania plików JPK_CIT na podstawie art. 9 ust. 1d pkt 2 ustawy o PDOP. Przepis ten odwołuje się do art. 27a ustawy o PDOP, w którym to mówi się o podatnikach osiągających wyłącznie dochody wolne od podatku na podstawie art. 17 ust. 1 ustawy o PDOP. Tacy podatnicy mogą składać zeznanie w postaci papierowej.

Natomiast z wniosku wynika, że nie wszystkie dochody osiągane przez SP ZOZ są zwolnione z art. 17 ust. 1 pkt 4 ustawy o PDOP. Chodzi tu o wymienione wydatki na cele niestatutowe, tj. m.in. na zapłatę składek na PFRON, kar, kosztów sądowych, odsetek budżetowych.

Jak zatem stwierdził organ podatkowy, pytającego SP ZOZ nie obejmuje zwolnienie wskazane w art. 9 ust. 1d pkt 2 ustawy o PDOP. Tym samym obowiązek przesyłania plików JPK_CIT należy realizować zgodnie z ww. harmonogramem (określonym w ww. art. 66 ust. 2 ustawy zmieniającej).

Podsumowując, organ podatkowy wskazał, że SP ZOZ:

"(...) nie będzie zwolnione z obowiązku przesyłania właściwemu naczelnikowi urzędu skarbowego ksiąg rachunkowych po zakończeniu roku podatkowego w terminie do dnia upływu terminu złożenia zeznania, o którym mowa w art. 27 ust. 1 ustawy o CIT (...), za pomocą środków komunikacji elektronicznej, w postaci elektronicznej odpowiadającej strukturze logicznej (...)".